わが国の小児医療は歴史的には大学附属病院や一般病院の小児科が中心的な役割を果たしておりました。しかしながら、欧米の近代の小児医療は小児病院で劇的な進歩が見られたことを意識し、わが国でも高度先進的な小児医療を担う医療施設の開設が求められてきました。そこで、厚生省（当時）は昭和４０年に国内で初めての小児総合医療施設である国立小児病院を開設しました。その後、わが国では地方自治体立の小児総合医療施設（こども病院）が全国に相次いで設立され、以来今日まで各地で小児医療の中核としての役割を担っております。

日本小児総合医療施設協議会は昭和43年に発足し、小児総合医療施設の医療・研究・教育及び社会活動を支援する任意団体として、国際的水準の小児医療の確保、普及に努めるとともに、現在及び未来の子どもとその御家族の心身の健康水準の向上を目指して活動しています。

当会の会員施設となるための要件は、小児の特殊性に配慮がされた医療、看護、設備等を提供でき、小児関連病床が原則として100床以上設置され、小児医療の研究、教育が行われている小児の専門施設であることです。

施設の形態により、会員施設は３つの型に分類されています。

・１型（独立病院型）施設・・・主として小児のために特化した独立した病院。いわゆる小児病院。
・２型（小児病棟・療養型）施設・・・独立した病院で、児童福祉病床（重症心身障害児病床、療育病床等）が総小児関連病床数の30％以上の施設
・３型（小児病棟型）施設・・・・独立した病院ではないが、小児看護の専門性のもとに、複数の病棟群に小児病棟が集約的に配置され、病院組織内で総合的小児医療部門として位置づけられ管理責任者のいる施設。原則として小児病床数は100床以上。

当協議会発足から暫くは１型の施設が大半を占めていましたが、最近では大学病院小児科などの３型の施設が増えてきております。当協議会は年に１度、国内各地の会員施設が交替で担当する年会を開催し、施設長、看護部長、事務部長、薬剤部長、臨床検査の部門長が、問題点について情報共有を行うとともに、よりよい方向性に向けた討議を行っています。
そして、厚生労働省への診療報酬改定要望書を作成し提出しています。
さらに、小児治験や感染管理等に関する当協議会メンバー間のネットワークを構築し、小児治験の推進や感染予防対策を向上させることにより、未来を担うこどもたちが適切な医療を受けることができる環境づくりのために努力しています。